El 28 de septiembre de 1868, la Junta revolucionaria de Valencia decreta la demolición del Monasterio  Treinta hombres se encargaron  de desmantelar el edificio y salvar lo que se pudiese. El 15 de octubre salían por última vez de San Cristóbal las religiosas; se dirigieron hacia el Convento de Jerusalén (junto a la calle de Xátiva), donde fueron muy bien acogidas por las Franciscanas clarisas que las alojaron en un porche en lo más alto del Convento. El Monasterio de San Cristóbal sería demolido en 1869 y en su lugar se pretendió construir, sin éxito, un mercado. El solar sería ocupado por una manzana de edificios con fachadas a la calle de la Paz y del Mar.

    En 1873, la comunidad firma la escritura de compra del Convento de San Antonio Abad de la calle de Sagunto. Así el Domingo de Ramos, 6 de abril de 1873, las Canonesas reciben el anuncio de su traslado al nuevo Convento.

Las capillas del lado de la epístola, están dedicadas a Santa Catalina Tomas, Sagrado Corazón de Jesús y a Nuestra Señora de Fátima. Las del evangelio  son: San Agustín, en la que también es venerado San Antonio de Padua,  San Cristóbal y San José. Todas las imágenes son de factura moderna, excepto la de San Cristóbal, que conserva la cabeza de la imagen del siglo XIV.

   El altar Mayor guarda una imagen más grande del titular, flanqueado por San Gabriel y el Angel custodio de la Ciudad, obra de Modesto Quilis. Así mismo, es de destacar un Cristo Crucificado y un lienzo con San Luis Beltran ambos del siglo XVII. Existe también una pintura de menor calidad  de  San Juan de Ribera.

   En la Sacristía hay colocado un gran lienzo que representa la conversión de San Agustín, y que posiblemente provenga del antiguo Monasterio. Otro de los elementos conservados en los distintos traslados, el púlpito, se encuentra colocado junto al altar del Corazón de Jesús, y tiene representados varios relieves con las imágenes de San Cristóbal, la Purísima, San Agustín y San José.

Hoy en día el Monasterio se yergue, en medio del ruido y las prisas de la ciudad, como un oasis de paz. Después demás de 600 años, sigue habitado por las Monjas Canonesas. La misma Orden  que lo fundó y que tan íntimamente ha estado ligada, a pesar de los abatares de la historia, al Monasterio y al Santo.

El edificio está situado en el interior de lo que fue jardín; es de planta cuadrada y cuenta con un claustro de doce arcadas. En un principio existió una capilla situada en la fachada principal de diez por cuatro metros.

   En 1903 se inicia la construcción de la Iglesia, bajo el proyecto de Antonio Ferrer y con la dirección del  maestro de obras Andres Vela. Un año después, el 9 de julio de 1904, es abierto al culto el nuevo templo y trasladado el Santísimo desde la capilla provisional. Cuenta con una esbelta cúpula de teja vidriada azul y blanca; su estilo es neobizantino, con una amplitud de 33 metros de larga por 13 de ancha, está cubierta por bóveda de cañón y merecen destacarse las pinturas de las pechinas, que representan a los cuatro evangelistas por Juan Bonet.

Al amanecer del lunes y en carruajes cerrados, cruzan el Turia, junto a  la imagen de San Cristóbal, para instalarse en su nueva casa. Pero años despues se decidió construir un Monasterio de nueva planta. Don Federico García, que era su vicario, compró el huerto de Roca, en la calle de Alboraya, siendo firmada la escritura el 4 de febrero de 1897 por doña Filomena Fernández y las Religiosas de San Cristóbal.

    Las obras comenzaron el 4 de Mayo con planos de Joaquín María Belda y se terminaron, a falta de la Iglesia, el 29 de septiembre de 1898.